Punti salienti I modelli di orologi molecolari che utilizzano calibrazioni fossili hanno permesso agli investigatori di stimare l'età degli eventi di speciazione. Gli sviluppi teorici e computazionali hanno allentato il presupposto di un orologio molecolare, migliorando così l'accuratezza della stima del tempo di divergenza. Nonostante questi progressi, le stime possono essere distorte quando esiste un diffuso lignaggio incompleto (ILS). La maggiore comprensione dell'eterogeneità dell'albero dei geni ha portato alla ribalta i metodi multispecie coalescenti (MSC), sebbene il potenziale potere dell'MSC per la stima del tempo di divergenza rimanga in gran parte inesplorato. I tempi assoluti possono essere ottenuti usando i tassi di mutazione stimati dai pedigree, fornendo (un po ') libertà dalla documentazione fossile incompleta. I metodi MSC calibrati in base alla frequenza di mutazione e i tradizionali metodi di datazione filogenetica dell'orologio con calibrazioni fossili possono produrre tempi di divergenza sorprendentemente diversi. I dati molecolari sono stati usati per datare le divergenze tra le specie sin da quando sono state descritte come documenti di storia evolutiva negli anni '60. Tuttavia, una documentazione fossile inadeguata e una discordanza tra alberi genetici e alberi di specie sono persistentemente problematiche. Esaminiamo come, adattando la discordanza dell'albero genetico e ridimensionando le lunghezze dei rami al tempo assoluto usando il tasso di mutazione e il tempo di generazione, i metodi multispecie a coalescenza (MSC) possono potenzialmente superare queste sfide. Scopriamo che le stime del tempo possono differire - in alcuni casi, sostanzialmente - a seconda che vengano utilizzati metodi MSC o metodi filogenetici tradizionali che applicano la concatenazione e se l'albero è calibrato con tassi di mutazione basati sul pedigree o con fossili. Discutiamo i vantaggi e le carenze di entrambi gli approcci e forniamo una guida pratica per l'analisi dei dati quando si utilizzano questi metodi. parole stima del tempo di divergenza multispecie coalescente tasso di sostituzione